Wayward Pines est un village idyllique, si ce n'est que son accès est fermé à tous et surveillé par des snipers vingt-quatre heures sur vingt-quatre. Aucun des résidents ne sait pourquoi ni comment il est arrivé là. Ethan Burke, le shérif, est l'un des rares à avoir vu l'extérieur et à connaître la vérité sur cette ville.

Entre 1948 et 1965, des centaines de corps d'opposants au régime communiste, d'enfants et de nouveau-nés ont été entassés dans des fosses communes ignorées de tous dans le cimetière de Dablice, au nord de Prague. Cinquante ans plus tard, le fils de l'une des victimes entend bien se faire justice lui-même.

Violette, une vieille femme qui vivait seule et faisait des achats en ligne de lingerie fine, est morte chez elle, victime d'un inocybe de Patouillard, un champignon vénéneux. Les enquêteurs se tournent vers Bertille, son aide à domicile, seule personne que la victime voyait tous les jours. Témoins et experts défilent au tribunal pour décortiquer la personnalité de Bertille, coupable idéale.