Détective et criminologue à Lyon, Teddy Schaffran quitte tout lorsqu'il apprend que le cadavre de sa fille Morgane a été retrouvé mutilé dans le Grand Nord canadien. Il se rend à Norferville, près d'une réserve autochtone. Léonie Rock, une policière métisse, est en charge de cette enquête qui la ramène sur les lieux où trois inconnus l'ont violée lorsqu'elle était adolescente.

Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu'un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l'occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.