Stéphane Bertin, le riche et puissant propriétaire d'une tannerie du village de Favières, fait disparaître les traces d'une dispute, jette un sac dans la chaudière et quitte sa maison nuitamment. Il s'en va retrouver sa maîtresse, Muriel Olivier, l'institutrice de la bourgade, enceinte de ses oeuvres. Dès le lendemain, une domestique découvre que l'épouse de Bertin a disparu. Sa soeur Nelly, affolée, s'empresse d'avertir les gendarmes, et lance aussitôt un avis de recherche. Quant à Stéphane, qui ne témoigne guère d'émotions, il continue de vaquer à ses occupations. Le juge Noblet se convainc rapidement que Stéphane a tué sa femme qui lui refusait le divorce...

Histoire de la guerre civile témoigne de plusieurs événements historiques survenus entre 1918 et 1921. C'est le deuxième long métrage réalisé par le documentariste Dziga Vertov afin d'immortaliser la Révolution russe et ses conséquences historiques.