En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

Dans l'au-delà, l'explosion d'un purificateur d'âme entraîne la création d'un énorme monstre jaune : Janemba. Sur la Terre, tous les morts reviennent à la vie. Sangoku et Végéta devront fusionner pour faire face à cette menace...

Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari. Mais Yagyu Tajima, l'ambitieux maître d'armes, soutient pourtant le prétendant officiel Iemitsu. Pour discréditer son rival, il engage le clan ninja Negoro. La rivalité se clôt dans un bain de sang.

Hoï, un vieil homme, menace de se suicider si on ne l'aide pas à libérer son ami Tapion, prisonnier d'une boîte à musique. Nos amis convoquent donc Shenron qui parvient à le libérer. Malheureusement, Tapion possède en lui la moitié d'un terrible monstre maléfique, Hildegarn...