À leur remontée d'une plongée sous-marine dans les eaux de Porto Rico, Harold, sa femme Evelyn et Martin, leur avocat, découvrent que l'air a momentanément été irrespirable. De retour à San Juan, les trois vacanciers réalisent qu'ils sont peut-être les seuls survivants d'une terrible catastrophe... Les relations entre les deux hommes se dégradent, à mesure que s'amplifie l'attirance d'Evelyn pour l'avocat et la jalousie d'Harold.

La vie est devenue insupportable pour Janice, brimée par des parents qui l’étouffent et la forcent à subir un avortement. Seules l’amitié de Tim et la thérapie novatrice du docteur Donaldson laissent entrevoir l’espoir d’une guérison. Pourtant, l’incompréhension du milieu familial et les pratiques de la psychiatrie traditionnelle prennent le dessus et Janice sombre peu à peu dans la schizophrénie.

En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...