À leur remontée d'une plongée sous-marine dans les eaux de Porto Rico, Harold, sa femme Evelyn et Martin, leur avocat, découvrent que l'air a momentanément été irrespirable. De retour à San Juan, les trois vacanciers réalisent qu'ils sont peut-être les seuls survivants d'une terrible catastrophe... Les relations entre les deux hommes se dégradent, à mesure que s'amplifie l'attirance d'Evelyn pour l'avocat et la jalousie d'Harold.

Trois années se sont écoulées depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui, une fois née, se nourrira de la haine qu'Ayana éprouve pour le monstre Gamera, qui a tué ses parents. La créature, baptisée Iris par la petite fille, ne tarde pas à devenir gigantesque, jusqu'au jour où elle absorbe Ayana. Alors que les Gyaos attaquent la ville, Gamera et Iris vont se livrer une bataille sans merci dans les rues de Tokyo...