En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

En 1943, au prix d'une opération risquée, un groupe de résistants d'un maquis des Cévennes réussit à libérer de leur prison douze condamnés à mort. Une fois en lieu sûr, il s'avère que, parmi les évadés, il y a un homme de trop. Tandis que les Allemands sont sur leurs traces, les chefs du maquis se demandent ce qu'il faut faire de cet inconnu.

Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari. Mais Yagyu Tajima, l'ambitieux maître d'armes, soutient pourtant le prétendant officiel Iemitsu. Pour discréditer son rival, il engage le clan ninja Negoro. La rivalité se clôt dans un bain de sang.