Jean-Paul Rondin, libraire dans le Quartier latin, est par ailleurs l'auteur d'ouvrages érudits sur le vieux Paris. Il s'inquiète de la disparition de sa fille, Marie-Hélène. Pressé de partir en vacances, le commissaire Lalatte lui assure qu'il s'agit d'une fugue. Deux agents se volatilisent sans qu'il s'en préoccupe davantage. Bientôt, vingt touristes disparaissent à leur tour en visitant les catacombes. Lalatte entrevoit avec crainte la perspective d'un incident diplomatique. Une inscription menaçante apparaît alors sur le car des touristes, sommant le ministre des Travaux publics d'arrêter de creuser des trous dans Paris. Dans une carrière désaffectée, Rondin constate l'existence d'une communauté souterraine...

L'action se déroule dans les années 1960, dans un pays méditerranéen. La gendarmerie et la police cherchent à tout prix à réprimer le communisme et tout mouvement qui lui serait affilié. Une réunion pacifiste animée par « le docteur », un député progressiste est programmée. Tandis que les forces de l'ordre laissent les partisans du pouvoir attaquer physiquement les participants à la réunion, « le docteur » est violemment agressé dans la confusion et meurt de ses blessures. Le juge d'instruction chargé de l'enquête va alors découvrir que les plus hautes autorités de l'État cherchent à camoufler ce décès en simple accident.

Suite à un enlèvement qui tourne mal, deux clans yakuza se lancent une guerre sans merci. Egawa, yakuza respecté à la retraite, se retrouve malgré lui entraîné dans un déchaînement de violence.