A 13 ans, François découvre que son père n'est pas à l'hôpital comme le prétend sa mère, digne et cultivée, mais en prison. Il est en effet devenu un as du perçage de coffres-forts. A son retour, c'est la fête à la maison, égayée encore par la présence de Faucon, le fidèle complice qui vient s'installer dans la famille. La vie reprend son cours. Faucon et le père se remettent aux cambriolages, les "affaires" sont florissantes. François, qui a tout compris, voudrait suivre les deux hommes dans leurs sorties nocturnes, mais ses parents s'y opposent. Papa et maman tiennent à ce que leurs enfants soient bien élevés...

En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari. Mais Yagyu Tajima, l'ambitieux maître d'armes, soutient pourtant le prétendant officiel Iemitsu. Pour discréditer son rival, il engage le clan ninja Negoro. La rivalité se clôt dans un bain de sang.