Le canal du Midi est en danger ! De terribles champignons microscopiques surnommés "chancrignons" attaquent les arbres. Si tous disparaissent, les animaux du canal devront chercher de nouveaux abris. Accompagnée de Cluque, l'intrépide Violette Mirgue doit retrouver le trésor de Riquet pour arrêter les champignons et sauver les habitats de tous ces petits animaux . Mais avant, il faut rassembler tout le petit peuple du canal...

La nuit, sur les docks, les Tortues ninja combattent Zodiac, un groupe dirigé par Shredder et composé d'animaux inspirés des signes astrologiques chinois. Mais il manque le signe du rat, ce qui inquiète maître Splinter.