A la fin du XIXe siècle au Japon. Tomé raconte l'histoire de sa vie : la perte de son père marin, son apprentissage chez un samouraï et son amour pour la fille de son maître, sans oublier les combats sur l'île invisible contre les guerriers-démons.

Dans le Japon du début de l'ère Edo, Ichirô, un enfant abandonné, est recueilli et élevé loin du monde par un ancien samouraï qui lui enseigne la voie du sabre. Quand des événements dramatiques bouleversent sa vie, il part pour Edo. A 15 ans, il doit survivre seul dans une ville labyrinthique où l'attendent mille dangers. Une nuit, il découvre une mystérieuse jeune fille au visage dissimulé.