Les bases du manga sont posées: Conan habite chez Ran et il se sert de Kogoro pour résoudre ses enquêtes incognito. Ses gadgets lui donnent un côté "James Bond "...

C'est la rencontre avec Ayumi, Genta et Mitsuhiko. C’est également, la première affaire où Conan retrouve les hommes en noir. Conan fait sa rentrée à l’école primaire. Il résout plusieurs enquêtes: la grande fête du feu, le casse des 100 millions et la maison hantée avec les Détectives-Boys.

Premiers soupçons de Ran à propos de l’identité de Conan. Le chef de la famille Takemoto est assassiné en chambre close sur un bateau de croisière. Enquête sur la disparition d’un petit garçon.

Réapparition des hommes en noir dans le train. Enquêtes: Le chevalier en armure. Attentat dans le Shinkansen. Le poisson d'or.

Conan a découvert la véritable raison derrière l'attitude étrange de la mystérieuse Ryoko Akagi, la lycéenne qui se présentait comme la petite amie de Shinichi Kudo. Il tente maintenant de sauver le jeune Mamoru des mains de son ravisseur, mais malheureusement Ran veille au grain,...

Invité avec Ran et son père à l’anniversaire de Reika Yotsui, fille unique d’un riche homme d’affaires, ils se retrouvent au cœur d’une histoire de meurtre. Reika disparaît, et un des invités, M. Nikaido est retrouvé noyé. Reika est finalement retrouvée mais morte, noyée dans sa baignoire. Conan a découvert l’identité du coupable et s’apprête à nous la dévoiler ! ! !

Au cours d’une affaire, Shinichi est provoqué par un certain Hattori, détective lycéen tout comme lui, mais professant dans la région du Kansai. A la surprise générale, le vrai Shinichi réapparaît alors pour relever ce défi. Depuis, ce miracle qui permit à Conan de redevenir ce qu’il était, ne se reproduit malheureusement plus. En vacances aux sports d’hiver, Kogora, Ran et Conan sont à nouveaux confrontés à un meurtre mystérieux: le professeur Oyama a été assassiné dans son luxueux chalet. Grâce à un message laissé par la victime avant de mourir, Conan semble avoir découvert l’identité du coupable !

Le lycée Teitan accueille un nouveau professeur venu de l'étranger. Son nom: Jodie Saint-Emilion... Elle semble plutôt gentille, mais ne l'est-elle pas qu'en apparence!? Une nouvelle affaire éclate et l'énigmatique Jodie est sur les lieux...!

Conan et la famille Mouri se rendent sur une île en compagnie de Heiji. On prétend que la doyenne du village serait devenue immortelle après avoir mangé de la chair de sirène?! Eclate alors une série de meurtres difficilement explicables...?!

Invité par Heiji, Conan se rend à Osaka. Il paraît que le joueur de football Ray Curtis pour lequel Conan est rempli d’admiration, sera là aussi! Une affaire de meurtre éclate et un triste dénouement se profile à l’horizon…

Six grands détectives ont été réunis dans le «Manoir du Crépuscule» par l'insaisissable Kid. Malgré eux, tous sont pris dans une chasse au trésor, un stupide jeu dont ne sortira vivant que celui qui mettra la main sur le trésor. Mais, au beau milieu des recherches, une affaire éclate! Kogoro se fait tirer dessus. Mais, bon sang, que se passe-t-il?!

Une énigme difficile qui fait appel à la connaissance des syllabaires japonais (hiragana et katakana). Conan retrouve la trace des hommes en noir. Hattori revient chercher Shinichi.