En Espagne durant la guerre civile, Carlos, un garçon de douze ans, débarque à Santa Lucia, un établissement catholique pour orphelins dirigé par Carmen. Mais il doit faire face à l'hostilité de ses camarades et de Jacinto, l'homme à tout faire. Dès la première nuit, Carlos aperçoit le fantôme d'un enfant qui hante les murs et s'efforce de communiquer avec lui. Il découvre très vite que ce spectre n'est autre que celui de Santi, ancien pensionnaire de ce lieu inquiétant, disparu dans de mystérieuses circonstances.

Laura, accompagnée de son mari et de son fils de 7 ans, Simon, revient habiter l'orphelinat dans lequel elle a passé son enfance. Très vite, Simon apprivoise sa nouvelle maison et commence à se livrer à des jeux étranges. Laura se laisse alors aspirer dans l'univers de Simon, persuadée que l'orphelinat recèle un mystère longtemps refoulé. Mais bientôt, Simon disparait...

Espagne, 1944. Ofélia s'installe avec sa mère dans une garnison dirigée par Vidal, son beau-père, capitaine autoritaire de l'armée franquiste. Près de la grande maison familiale, la jeune fille découvre un étrange labyrinthe gardé par une créature nommée Pan. Le monstre lui révèle qu'elle n'est autre que la princesse disparue d'un royaume enchanté. Afin de découvrir la vérité, Ofélia devra se soumettre à trois épreuves que rien ne l'a préparée à affronter...