Le commissaire Habib, assisté de son adjoint Sosso et de Guillaume, un agent du renseignement français, est chargé d'enquêter sur le meurtre d'un jeune Touareg non loin de Tombouctou. Tandis que la famille accuse un clan rival et que notables et autorités locales tentent de l'écarter, Habib parcourt la ville et tout en découvrant ses étranges coutumes, se fraye un chemin vers la vérité.

Des mendiants sont retrouvés décapités dans la ville de Kita. Le commissaire Dembélé et son adjoint, Sy, sont dépassés. Le commissaire Habib, qui connaît bien la ville et ses coutumes, est envoyé à leur rescousse. Mais il devra résister aux pressions des notables religieux, qui voient dans l'affaire un châtiment pour la ville dépravée par la modernité.