Tokyo. Le quartier de Shibuya bat son plein pour Halloween. La détective Sato est en robe de mariée devant un parterre d'invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle et le détective Takagi est blessé en tentant de protéger Sato. Il survit à son agression mais cette attaque ravive chez Sato le souvenir du détective Matsuda, dont elle était amoureuse, tué au cours d'attentats à la bombe il y a trois ans. Au même moment, l'auteur de ces attentats s'évade de prison. Coïncidence ? Pour venger son camarade de classe, le détective Furuya alias Toru Amuro part à la recherche du fugitif qui lui tend un piège. Conan retrouve Amuro avec une bombe autour du cou dans un abri souterrain. Amuro lui raconte que 3 ans plus tôt, ses camarades de l'académie de police ont rencontré à Shibuya "Plamya", un poseur de bombe. Une ombre inquiétante plane sur Conan et ses amis. Le carrefour des destins s'embrase, Halloween se transforme en parade enragée !

Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear "Japanese Bullet" est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d'atteindre 1000Km/h, sera inauguré à l'ouverture des JSM. Lors d'une fête organisée pour les sponsors des jeux, d'étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.