Dans un avenir proche, un pirate informatique du nom de Neo, découvre grâce à Morpheus que la réalité n'est qu'une immense simulation créée par la Matrice, réduisant l'espèce humaine en esclavage. Pour Morpheus, le doute n'est plus permis : Neo est "l'élu", ce libérateur mythique, capable de mettre en échec la Matrice et ses féroces agents. La prophétie est sur le point de se réaliser, la lutte va pouvoir commencer...