Après une longue quête, Link a réussi à trouver Excalibur. Mais il reste inconscient pendant 7 ans. À son réveil, rien n'est plus comme avant. La terre d'Hyrule tout entière est envahie par le pouvoir maléfique de Ganondorf. Pour contrer le mal, Link se dirige vers les temples de la forêt et du feu où il espère trouver l'aide des sages..