Manny, Diego et Sid se lancent dans leur plus grand périple après qu'un cataclysme ait donné naissance à un continent en pleine dérive. Séparés de leurs amis, utilisant un iceberg comme navire de fortune, ils vont devoir surmonter l'impossible et explorer un nouveau monde tout en combattant des pirates impitoyables. De son coté Scrat à toujours affaire à son maudit gland et se retrouve catapulté dans un endroit ou aucun écureuil préhistorique n'est jamais allé.