Les Kraang sont de retour à New York, bien décidés à faire main basse sur la ville. Les tortues ninja sont en fuite, mais un espoir apparaît... Les mutanimaux ne vont pas se laisser faire ! Dans une autre aventure, nos quatre tortues vont devoir faire équipe avec une petite fille, avec qui Leo a l'habitude de prendre le thé, et qui se révélera un atout de choix pour battre le redoutable Tiger Claw !