Edward et Alphonse Elric continuent leur combat dans le nord du pays contre le machiavélique alchimiste écarlate Solf J. Kimblee. La lutte est brutale, ce dernier profitant du pouvoir que lui confère la pierre philosophale pour tout détruire sur son passage. Pendant ce temps à Central City, les homonculus ourdissent leurs sombres complots dans les sous-sols de la ville. Leur « père » est en proie au tourment. C'est l'occasion d'en apprendre un peu plus sur les évènements qui se sont déroulés lors de la chute de la légendaire cité de Xerxes.