Lors leur rentrée en CM1, le jeune Takaki rencontre Akari pour la première fois. Nouvelle dans cette école, elle vient de déménager à Tokyo. Habitués tous deux à changer de ville au gré des mutations professionnelles de leurs parents, les deux enfants se lient rapidement d'amitié. Mais la famille d'Akari est mutée dans le nord du Japon, puis celle de Takaki  doit partir pour Tanegashima, une île isolée du Sud...Parviendront-ils malgré la distance à maintenir le lien qui les unit  et à s'avouer leur amour  ?

Une rencontre du destin, un amour d'enfance.  Le miracle eut lieu une seule fois. Et il les emprisonna.  Alors que je continuais à te chercher, je suis devenu un adulte.  Cet amour qui avait commencé sous les cerisiers en fleurs se conclut à présent.

Les deux frères de la Section plantes tentent de recruter parmi la Section animaux, sans succès. Dieu poursuit ses commandes farfelues, demandant de créer une espèce uniquement composée de femelles. En charge du projet, Pluton envisage de recourir à un parasite qui exterminerait les mâles.