Lors leur rentrée en CM1, le jeune Takaki rencontre Akari pour la première fois. Nouvelle dans cette école, elle vient de déménager à Tokyo. Habitués tous deux à changer de ville au gré des mutations professionnelles de leurs parents, les deux enfants se lient rapidement d'amitié. Mais la famille d'Akari est mutée dans le nord du Japon, puis celle de Takaki  doit partir pour Tanegashima, une île isolée du Sud...Parviendront-ils malgré la distance à maintenir le lien qui les unit  et à s'avouer leur amour  ?

Une rencontre du destin, un amour d'enfance.  Le miracle eut lieu une seule fois. Et il les emprisonna.  Alors que je continuais à te chercher, je suis devenu un adulte.  Cet amour qui avait commencé sous les cerisiers en fleurs se conclut à présent.

Les deux frères de la Section plantes tentent de recruter parmi la Section animaux, sans succès. Dieu poursuit ses commandes farfelues, demandant de créer une espèce uniquement composée de femelles. En charge du projet, Pluton envisage de recourir à un parasite qui exterminerait les mâles.

Possédée par un parasite déterminé à exterminer tous les hommes, Pluton prend la fuite. Tandis que ses collègues tentent de l'arrêter, Dieu se montre difficile avec l'équipe de design du ciel, qui réfléchit à une créature redoutable, à un animal qui mange tout ou encore à un être qui prévient le réchauffement climatique.

Le dernier projet de la section design s'est échappé et a pris le contrôle de l'usine du ciel. Shimoda retourne dans le passé pour tenter de l'arrêter. Peu concerné par ce virus, Dieu multiplie les requêtes saugrenues, ce qui amène les concepteurs à mettre au point une chimère, un animal auto-stoppeur ou encore un producteur d'électricité.

Gwendolyn est une princesse mal dans sa peau, jusqu'au jour où elle rencontre les membres du Cursed princess club. Ces dernières ont été rejetées par la société après avoir été victimes d'une malédiction.

Frederick fait partie des Princels, des princes qui ont fui la société en raison de leur insécurité quant à leur apparence physique et à leur incapacité à trouver des partenaires romantiques. Le jeune homme regrette son comportement envers Gwendolyn et se demande s'il mérite l'affection que lui porte la jeune princesse.