Shredder met au défi ses hommes de main de lui livrer les Tortues ninja. Le binôme qui y parviendra restera dans son équipe tandis que les autres connaîtront un triste sort. Une guerre sans merci s'engage alors pour capturer les Tortues.

La nuit, sur les docks, les Tortues ninja combattent Zodiac, un groupe dirigé par Shredder et composé d'animaux inspirés des signes astrologiques chinois. Mais il manque le signe du rat, ce qui inquiète maître Splinter.