Selon une prophétie maçonnique, celui qui possède les quatre éléments devient le maître du monde. Dès 1939, les Allemands découvrent au Tibet un svastika, et une course démarre entre les Alliés et les nazis. Tristan, trafiquant d'art, est enlevé pour travailler avec le colonel Weistort, alors qu'en Angleterre une opération est mise en place pour trouver le deuxième élément. Inspiré de faits réels.

Shredder met au défi ses hommes de main de lui livrer les Tortues ninja. Le binôme qui y parviendra restera dans son équipe tandis que les autres connaîtront un triste sort. Une guerre sans merci s'engage alors pour capturer les Tortues.