Dans une localité située entre mer et montagnes, Arsen, un vieil homme, a survécu au désastre écologique qui a ravagé les terres, empêchant toute culture ou consommation. Alors qu'il espère trouver de l'eau potable sous la Malboire, une boue conçue autrefois pour l'optimisation de la culture du maïs, il croise le jeune Zizare, qu'il recueille, ainsi que sa compagne, Mivoix.

Shredder met au défi ses hommes de main de lui livrer les Tortues ninja. Le binôme qui y parviendra restera dans son équipe tandis que les autres connaîtront un triste sort. Une guerre sans merci s'engage alors pour capturer les Tortues.