Roger, le robot intelligent, a fini par apprivoiser son propriétaire humain, Hugo. Celui-ci est finalement quitté par sa copine. Mais il n'est pas au bout de ses peines, surtout lorsque la nouvelle invention de son père, un Roger 2.0 mais en moins bien, se transforme en arme de destruction massive entre les mains d'un terroriste corrompu.

Shredder met au défi ses hommes de main de lui livrer les Tortues ninja. Le binôme qui y parviendra restera dans son équipe tandis que les autres connaîtront un triste sort. Une guerre sans merci s'engage alors pour capturer les Tortues.

Dans une localité située entre mer et montagnes, Arsen, un vieil homme, a survécu au désastre écologique qui a ravagé les terres, empêchant toute culture ou consommation. Alors qu'il espère trouver de l'eau potable sous la Malboire, une boue conçue autrefois pour l'optimisation de la culture du maïs, il croise le jeune Zizare, qu'il recueille, ainsi que sa compagne, Mivoix.