Accompagnée de son araignée Jarabulus, Belladonne ouvre une boulangerie dans un petit village. Ses baguettes et ses pains sont magiques : en les mangeant, ses clients ressentent les émotions qu'elle y a stockées. Mais un jour de grande colère, Belladonne fait une énorme bêtise en créant un pain maléfique qui sème la zizanie.

Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu'un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l'occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.