Le jour de ses 15 ans, la plus jeune des six filles du roi de la mer monte à la surface de l'eau et observe le monde des humains. Elle sauve un prince de la noyade et en tombe amoureuse. Elle sacrifie sa voix pour le retrouver. Suivi de l'histoire fantastique d'Ondine, un récit inspiré par la théorie vitaliste selon laquelle la nature, douée de vie, se compose en partie d'esprits élémentaires.

Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu'un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l'occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.