L'infâme capitaine Dagon, membre des services secrets d'Austradie, infiltre une mission menée par la Norlandie sur les Iles noires, qui vise à mettre la main sur l'uradium, un minerai aux propriétés prodigieuses.

Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu'un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l'occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.