Roger, le robot intelligent, a fini par apprivoiser son propriétaire humain, Hugo. Celui-ci est finalement quitté par sa copine. Mais il n'est pas au bout de ses peines, surtout lorsque la nouvelle invention de son père, un Roger 2.0 mais en moins bien, se transforme en arme de destruction massive entre les mains d'un terroriste corrompu.

Shredder met au défi ses hommes de main de lui livrer les Tortues ninja. Le binôme qui y parviendra restera dans son équipe tandis que les autres connaîtront un triste sort. Une guerre sans merci s'engage alors pour capturer les Tortues.