Une mouche pète au nez d'un papillon et déclenche une série de catastrophes jusqu'à un véritable cataclysme à l'autre bout de la planète.

En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

Dans les années 50, Louise, jeune mère, a quitté la maison seule. Sa fille Martine est devenue médecin. Aujourd’hui la fille de Martine, Audrey, la trentaine et enceinte, revient visiter ses parents. Elle trouve un cahier ayant appartenu à Louise, un journal qui pourrait enfin expliquer son départ.