En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

À leur remontée d'une plongée sous-marine dans les eaux de Porto Rico, Harold, sa femme Evelyn et Martin, leur avocat, découvrent que l'air a momentanément été irrespirable. De retour à San Juan, les trois vacanciers réalisent qu'ils sont peut-être les seuls survivants d'une terrible catastrophe... Les relations entre les deux hommes se dégradent, à mesure que s'amplifie l'attirance d'Evelyn pour l'avocat et la jalousie d'Harold.