En 1943, au prix d'une opération risquée, un groupe de résistants d'un maquis des Cévennes réussit à libérer de leur prison douze condamnés à mort. Une fois en lieu sûr, il s'avère que, parmi les évadés, il y a un homme de trop. Tandis que les Allemands sont sur leurs traces, les chefs du maquis se demandent ce qu'il faut faire de cet inconnu.

Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari. Mais Yagyu Tajima, l'ambitieux maître d'armes, soutient pourtant le prétendant officiel Iemitsu. Pour discréditer son rival, il engage le clan ninja Negoro. La rivalité se clôt dans un bain de sang.

Au Japon, un météore s'écrase sur la ville de Tokyo, laissant échapper des centaines de créatures extraterrestres. L'armée nippone a bien du mal à contrer ces monstres géants, mi-crevettes mi-araignées, et ne peut finalement que constater son impuissance face à ces forces venues d'ailleurs. La ville sombre dans la panique. Tandis que les créatures détruisent tout sur leur passage et semblent vouloir coloniser le monde, le monstrueux Gamera surgit des entrailles de la terre. Une bataille sans merci commence alors entre Gamera et l'armée extraterrestre...