L'action se déroule dans les années 1960, dans un pays méditerranéen. La gendarmerie et la police cherchent à tout prix à réprimer le communisme et tout mouvement qui lui serait affilié. Une réunion pacifiste animée par « le docteur », un député progressiste est programmée. Tandis que les forces de l'ordre laissent les partisans du pouvoir attaquer physiquement les participants à la réunion, « le docteur » est violemment agressé dans la confusion et meurt de ses blessures. Le juge d'instruction chargé de l'enquête va alors découvrir que les plus hautes autorités de l'État cherchent à camoufler ce décès en simple accident.

A la mort accidentelle de son collègue, l'ingénieux docteur Willow, le docteur Koshim conserve le cerveau du défunt. Agissant dans son laboratoire installé en altitude dans une zone glaciale, il espère réimplanter le cerveau dans le cadavre d'une créature proche de la perfection. Cinquante ans plus tard, Sangohan et ses amis sont réunis par une force mystérieuse sur cette même montagne. En fait, le vieux chercheur a jeté son dévolu sur Tortue Géniale pour réincarner Willow...

Suite à un enlèvement qui tourne mal, deux clans yakuza se lancent une guerre sans merci. Egawa, yakuza respecté à la retraite, se retrouve malgré lui entraîné dans un déchaînement de violence.

Jean-Paul Rondin, libraire dans le Quartier latin, est par ailleurs l'auteur d'ouvrages érudits sur le vieux Paris. Il s'inquiète de la disparition de sa fille, Marie-Hélène. Pressé de partir en vacances, le commissaire Lalatte lui assure qu'il s'agit d'une fugue. Deux agents se volatilisent sans qu'il s'en préoccupe davantage. Bientôt, vingt touristes disparaissent à leur tour en visitant les catacombes. Lalatte entrevoit avec crainte la perspective d'un incident diplomatique. Une inscription menaçante apparaît alors sur le car des touristes, sommant le ministre des Travaux publics d'arrêter de creuser des trous dans Paris. Dans une carrière désaffectée, Rondin constate l'existence d'une communauté souterraine...

Aussi mystérieux et étonnant que cela puisse paraître, Sangoku a un frère jumeau. Son nom est Thalès et il incarne la nature de Sangoku perdue lors de l'accident crânien survenu dans son enfance : c'est un véritable guerrier de l'espace venu pour détruire la Terre en y plantant un arbre "absorbeur d'énergie". Ses gardes et lui se nourrissent de ses fruits pour devenir plus forts. Cet arbre magique va changer l'atmosphère terrestre pour la rendre invivable et ainsi tuer toute forme de vie. Mais Sangoku et ses amis font tout pour l'en empêcher...