Une mouche pète au nez d'un papillon et déclenche une série de catastrophes jusqu'à un véritable cataclysme à l'autre bout de la planète.

L'action se déroule dans les années 1960, dans un pays méditerranéen. La gendarmerie et la police cherchent à tout prix à réprimer le communisme et tout mouvement qui lui serait affilié. Une réunion pacifiste animée par « le docteur », un député progressiste est programmée. Tandis que les forces de l'ordre laissent les partisans du pouvoir attaquer physiquement les participants à la réunion, « le docteur » est violemment agressé dans la confusion et meurt de ses blessures. Le juge d'instruction chargé de l'enquête va alors découvrir que les plus hautes autorités de l'État cherchent à camoufler ce décès en simple accident.

En 1995, au large de la côte est des Philippines, un navire transportant du plutonium s'échoue mystérieusement sur un atoll flottant. Des scientifiques sont envoyés sur place pour vérifier qu'il n'y a eu aucune fuite. Pendant ce temps, les Gyaos, de redoutables oiseaux préhistoriques, attaquent des humains au cours d'un match de base-ball. Gamera survient et tente de combattre les trois Gyaos. Mais les hommes se méprennent et croient que la tortue géante leur est hostile...

Dans les années 50, Louise, jeune mère, a quitté la maison seule. Sa fille Martine est devenue médecin. Aujourd’hui la fille de Martine, Audrey, la trentaine et enceinte, revient visiter ses parents. Elle trouve un cahier ayant appartenu à Louise, un journal qui pourrait enfin expliquer son départ.