L'action se déroule dans les années 1960, dans un pays méditerranéen. La gendarmerie et la police cherchent à tout prix à réprimer le communisme et tout mouvement qui lui serait affilié. Une réunion pacifiste animée par « le docteur », un député progressiste est programmée. Tandis que les forces de l'ordre laissent les partisans du pouvoir attaquer physiquement les participants à la réunion, « le docteur » est violemment agressé dans la confusion et meurt de ses blessures. Le juge d'instruction chargé de l'enquête va alors découvrir que les plus hautes autorités de l'État cherchent à camoufler ce décès en simple accident.

Au Japon, un météore s'écrase sur la ville de Tokyo, laissant échapper des centaines de créatures extraterrestres. L'armée nippone a bien du mal à contrer ces monstres géants, mi-crevettes mi-araignées, et ne peut finalement que constater son impuissance face à ces forces venues d'ailleurs. La ville sombre dans la panique. Tandis que les créatures détruisent tout sur leur passage et semblent vouloir coloniser le monde, le monstrueux Gamera surgit des entrailles de la terre. Une bataille sans merci commence alors entre Gamera et l'armée extraterrestre...