A la lecture du testament de leur mère, Jeanne et Simon Marwan se voient remettre deux enveloppes : l'une destinée à un père qu'ils croyaient mort et l'autre à un frère dont ils ignoraient l'existence. Jeanne voit dans cet énigmatique legs la clé du silence de sa mère, enfermée dans un mutisme inexpliqué les dernières semaines précédant sa mort. Elle décide immédiatement de partir au Moyen Orient exhumer le passé de cette famille dont elle ne sait presque rien. Simon, lui, n'a que faire des caprices posthumes de cette mère qui s'est toujours montrée distante. Mais son amour pour sa soeur jumelle le poussera bientôt à rejoindre Jeanne et à sillonner avec elle le pays de leurs ancêtres sur la piste d'une mère bien loin de celle qu'ils ont connue.

L'action se déroule dans les années 1960, dans un pays méditerranéen. La gendarmerie et la police cherchent à tout prix à réprimer le communisme et tout mouvement qui lui serait affilié. Une réunion pacifiste animée par « le docteur », un député progressiste est programmée. Tandis que les forces de l'ordre laissent les partisans du pouvoir attaquer physiquement les participants à la réunion, « le docteur » est violemment agressé dans la confusion et meurt de ses blessures. Le juge d'instruction chargé de l'enquête va alors découvrir que les plus hautes autorités de l'État cherchent à camoufler ce décès en simple accident.

Trois années se sont écoulées depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui, une fois née, se nourrira de la haine qu'Ayana éprouve pour le monstre Gamera, qui a tué ses parents. La créature, baptisée Iris par la petite fille, ne tarde pas à devenir gigantesque, jusqu'au jour où elle absorbe Ayana. Alors que les Gyaos attaquent la ville, Gamera et Iris vont se livrer une bataille sans merci dans les rues de Tokyo...