A la mort accidentelle de son collègue, l'ingénieux docteur Willow, le docteur Koshim conserve le cerveau du défunt. Agissant dans son laboratoire installé en altitude dans une zone glaciale, il espère réimplanter le cerveau dans le cadavre d'une créature proche de la perfection. Cinquante ans plus tard, Sangohan et ses amis sont réunis par une force mystérieuse sur cette même montagne. En fait, le vieux chercheur a jeté son dévolu sur Tortue Géniale pour réincarner Willow...

Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari. Mais Yagyu Tajima, l'ambitieux maître d'armes, soutient pourtant le prétendant officiel Iemitsu. Pour discréditer son rival, il engage le clan ninja Negoro. La rivalité se clôt dans un bain de sang.

Le Cavalier bleu, né dans les cuisines de l'enfer, s'évade et part à la découverte d'un monde onirique et étrange. Embarqué dans des manipulations de tous genres, il finit par devenir lui-même une légende.

Aussi mystérieux et étonnant que cela puisse paraître, Sangoku a un frère jumeau. Son nom est Thalès et il incarne la nature de Sangoku perdue lors de l'accident crânien survenu dans son enfance : c'est un véritable guerrier de l'espace venu pour détruire la Terre en y plantant un arbre "absorbeur d'énergie". Ses gardes et lui se nourrissent de ses fruits pour devenir plus forts. Cet arbre magique va changer l'atmosphère terrestre pour la rendre invivable et ainsi tuer toute forme de vie. Mais Sangoku et ses amis font tout pour l'en empêcher...