A la mort accidentelle de son collègue, l'ingénieux docteur Willow, le docteur Koshim conserve le cerveau du défunt. Agissant dans son laboratoire installé en altitude dans une zone glaciale, il espère réimplanter le cerveau dans le cadavre d'une créature proche de la perfection. Cinquante ans plus tard, Sangohan et ses amis sont réunis par une force mystérieuse sur cette même montagne. En fait, le vieux chercheur a jeté son dévolu sur Tortue Géniale pour réincarner Willow...

Trois années se sont écoulées depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui, une fois née, se nourrira de la haine qu'Ayana éprouve pour le monstre Gamera, qui a tué ses parents. La créature, baptisée Iris par la petite fille, ne tarde pas à devenir gigantesque, jusqu'au jour où elle absorbe Ayana. Alors que les Gyaos attaquent la ville, Gamera et Iris vont se livrer une bataille sans merci dans les rues de Tokyo...

Aussi mystérieux et étonnant que cela puisse paraître, Sangoku a un frère jumeau. Son nom est Thalès et il incarne la nature de Sangoku perdue lors de l'accident crânien survenu dans son enfance : c'est un véritable guerrier de l'espace venu pour détruire la Terre en y plantant un arbre "absorbeur d'énergie". Ses gardes et lui se nourrissent de ses fruits pour devenir plus forts. Cet arbre magique va changer l'atmosphère terrestre pour la rendre invivable et ainsi tuer toute forme de vie. Mais Sangoku et ses amis font tout pour l'en empêcher...