Alors qu'Alphonse se démène contre Pride et Kimblee, Edward doit faire face à une horde de soldats immortels dans les catacombes de la capitale. Leurs alliés ne sont pas en reste et le Colonel Mustang, bien décidé à tout risquer pour réussir, va devoir faire face à un dilemme inextricable ! La bataille décisive pour le contrôle de Central City est engagée !!

Les deux frères Elric mènent une expérience d'alchimie qui tourne mal : Edward perd un bras et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant enfermé dans une armure. Ils se lancent alors à la recherche de la pierre philosophale qui pourrait leur permettre de retrouver leur état initial.

Hibana s'est durement entraînée et est devenue plus puissante grâce à l'alchimie de Hiro. Elle est prête à affronter Takumu. Fin de série.

Central City est, plus que jamais, le centre d'un obscur complot aux ramifications dépassant l'imagination de nos protagonistes. Le colonel Mustang voit son unité démantelée tandis qu'Edward et Alphonse doivent faire face à l'énigmatique géniteur des homonculus.