Akino est l'apprentie concierge d'un grand magasin vraiment spécial : les clients y sont tous des animaux. Qu'ils soient petits ou grands, à poils ou à plumes, Akino travaille dur pour satisfaire toutes leurs demandes... même les plus surprenantes.

Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu...

Mitsuha, adolescente coincée dans une famille traditionnelle, rêve de quitter ses montagnes natales pour découvrir la vie trépidante de Tokyo. Elle est loin d'imaginer pouvoir vivre l'aventure urbaine dans la peau de... Taki, un jeune lycéen vivant à Tokyo, occupé entre son petit boulot dans un restaurant italien et ses nombreux amis. À travers ses rêves, Mitsuha se voit littéralement propulsée dans la vie du jeune garçon au point qu'elle croit vivre la réalité... Tout bascule lorsqu'elle réalise que Taki rêve également d'une vie dans les montagnes, entouré d'une famille traditionnelle... dans la peau d'une jeune fille! Une étrange relation s'installe entre leurs deux corps qu'ils accaparent mutuellement. Quel mystère se cache derrière ces rêves étranges qui unissent deux destinées que tout oppose et qui ne se sont jamais rencontrées ?

Karin, 11 ans, est abandonnée par son père chez son grand-père, le moine d'une petite ville de la province japonaise. Celui-ci demande à Anzu, son chat-fantôme jovial et serviable bien qu'assez capricieux, de veiller sur elle. La rencontre de leurs caractères bien trempés provoque des étincelles, du moins au début...