Une sombre prophétie menace le monde des particuliers et Noor est en première ligne dans la lutte contre ce désastre. Jacob et les enfants, quant à eux, s'arment de courage et partent à la recherche de mystérieux objets qu'ils doivent empêcher de tomber dans de mauvaises mains.

As our story opens, a horrific family tragedy sets sixteen-year-old Jacob journeying to a remote island off the coast of Wales, where he discovers the crumbling ruins of Miss Peregrines Home for Peculiar Children. As Jacob explores its abandoned bedrooms and hallways, it becomes clear that the children were more than just peculiar.

Miss Peregrine et les enfants particuliers font tout pour ne pas se faire remarquer car ils peuvent désormais vivre hors des boucles temporelles sans risquer de vieillir en accéléré. Après avoir découvert un bunker secret chez le grand-père de Jacob, en Floride, les enfants se lancent dans une opération de sauvetage de particuliers isolés, notamment Noor, une jeune fille aux étranges pouvoirs.