Yodomi Arakawa a perdu son père dans des circonstances violentes et mystérieuses. Huit ans plus tard, il reçoit un étrange paquet adressé à ce dernier. En l'ouvrant, Yodomi s'évanouit. A son réveil, il fait la connaissance d'un crâne doué de parole qui prétend être responsable de la mort de son père. Le jeune homme découvre aussi qu'il peut devenir invisible