Suzume, lycéenne ordinaire vivant dans la ville portuaire de Kyushu, rencontre Sôta, un jeune homme à la recherche d'une porte. En le suivant dans les montagnes, elle est attirée vers une vieille porte en ruine qui s'ouvre sur un paysage extraordinaire mais étrangement familier. Ayant libéré un cataclysme apocalyptique, elle doit alors entreprendre un périple avec Sôta pour sauver l'humanité.