2035. La quasi totalité de la population mondiale a été décimée par un mal mystérieux. Les survivants, réfugiés sous terre, mettent tous leurs espoirs dans un voyage à travers le temps pour prévenir la catastrophe. Désigné pour cette mission, Cole débarque en 1996. là, il rencontre Jeffrey ainsi que le Dr Railly psychiatre, il tente d'élucider avec lui les mystérieux signaux lancés par une association secrète connue sous le nom de l'Armée des 12 singes...