Taiju, un lycéen tokyoïte, est un jour victime d'un phénomène mystérieux : en une fraction de seconde, l'humanité entière est transformée en pierre ! Des milliers d'années plus tard, à son réveil, il décide de rebâtir la civilisation à partir de zéro avec son ami Senku.
La suite des aventures de Senkuu et Taiji, deux jeunes hommes qui rebâtissent la civilisation, des milliers d'années après que l'humanité toute entière a été changée en pierre.