"X-Men : Le Commencement" nous entraîne aux origines de la saga X-Men, révélant une histoire secrète autour des événements majeurs du XXe siècle. Avant que les mutants n'aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n'étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, travaillaient avec d'autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l'Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s'accentua, et la guerre éternelle entre la Confrérie de Magneto et les X-Men du Professeur X éclata...