Au XVIe siècle, la dynastie Ming règne sur le vaste empire de Chine. Au cours d'une purge impitoyable, les Templiers éliminent tous les membres chinois de la Confrérie des Assassins, à l'exception d'une jeune femme nommée Shao Jun. Après une période d'exil, elle regagne sa terre natale, déterminée à venger ses camarades. Elle se rend à Pékin dans l'espoir d'y récupérer le coffret que lui avait confié son mentor italien et de faire évader Qijie, son amie d'enfance devenue impératrice.