Depuis la disparition de son père, Asuna, une jeune écolière, a pris pour habitude de s'isoler dans les collines pour écouter les chants étranges provenant d'un émetteur qu'il lui a légué. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque et sauvée par Shun, un garçon à l'allure héroïque. Avant de disparaître, ce dernier lui dit venir d'un monde oublié appelé Agartha. Grâce à l'aide de son mystérieux émetteur et accompagnée de l'un de ses professeurs, Asuna va partir à la recherche d'Agartha, la légendaire Terre des Dieux où se trouve caché le secret permettant de ramener à la vie des êtres disparus. Mais jusqu'où sera©t©elle prête à aller pour retrouver l'être qui lui est cher ?