Jean-Paul Rondin, libraire dans le Quartier latin, est par ailleurs l'auteur d'ouvrages érudits sur le vieux Paris. Il s'inquiète de la disparition de sa fille, Marie-Hélène. Pressé de partir en vacances, le commissaire Lalatte lui assure qu'il s'agit d'une fugue. Deux agents se volatilisent sans qu'il s'en préoccupe davantage. Bientôt, vingt touristes disparaissent à leur tour en visitant les catacombes. Lalatte entrevoit avec crainte la perspective d'un incident diplomatique. Une inscription menaçante apparaît alors sur le car des touristes, sommant le ministre des Travaux publics d'arrêter de creuser des trous dans Paris. Dans une carrière désaffectée, Rondin constate l'existence d'une communauté souterraine...

Fête chez Barbara et Henri, ex soixante-huitards, signataires de pétitions. En voulant changer une ampoule, Stan, ex-mari polonais de Barbara, provoque une véritable catastrophe. Tous croient à une tentative de suicide. Se suicider ? Ils vont l’aider ! Mais pour une « cause » !

Suite à un enlèvement qui tourne mal, deux clans yakuza se lancent une guerre sans merci. Egawa, yakuza respecté à la retraite, se retrouve malgré lui entraîné dans un déchaînement de violence.

Trois années se sont écoulées depuis l'attaque de la Légion. Ayana, une jeune écolière, découvre un oeuf caché au fin fond d'une caverne. La petite fille ne sait pas qu'il contient une créature maléfique qui, une fois née, se nourrira de la haine qu'Ayana éprouve pour le monstre Gamera, qui a tué ses parents. La créature, baptisée Iris par la petite fille, ne tarde pas à devenir gigantesque, jusqu'au jour où elle absorbe Ayana. Alors que les Gyaos attaquent la ville, Gamera et Iris vont se livrer une bataille sans merci dans les rues de Tokyo...