Miyamoto Musashi est un rônin, un samurai errant. Il parcourt les routes du Japon à la recherche des plus grands bretteurs afin de parfaire son art et de devenir un jour le meilleur samurai de l'archipel. Musashi voyage donc à la rencontre des plus grands kenjutsu afin de parfaire son art. De son côté, Matahachi essaie vaillamment de changer pour mériter son nouveau nom de Kojiro Sasaki

Nio, un orphelin adolescent ayant déjà été confronté aux dures réalités de la vie, rencontre fortuitement deux hommes qui deviendront les figures centrales de la révolution qui s'annonce : Hijikata Toshizô et Okita Sôji, les membres fondateurs du Shinsengumi. A leurs côtés, Nio va chercher sa propre définition de la justice et trouver une vision du monde tel qu'il aimerait la voir exister. Au cœr des remous de l'Histoire, malmené par des enjeux qui le dépassent, Nio saura-t-il maintenir la foi en sa justice ?

Alors que Nio commence à se faire accepter dans le groupe, les Miburo sont contactés par le domaine d’Aizu pour une importante mission : mettre cinq dangereux meurtriers hors d’état de nuire.